Sin embargo otros existen otros problemas con la hipótesisde Hooper como, por ejemplo, que la vacuna contra la polio se ingería por vía oral, vía bastante más difícil de transmisión de HIV, aunque no imposible; ciertas objeciones a la teoría por parte de expertos en HIV que creen que la genética del virus indica un pasaje del chimpancé a los humanos algunos años antes de los ensayos de la vacuna en 1957; evidencias de que un segundo tipo de virus del SIDA, HIV-2, fue "naturalmente" transmitido de monos a humanos en varias oportunidades, probablemente a través de la cacería de estos animales; y, por último, en otras partes del mundo donde se usó la vacuna contra la polio, por ejemplo Europa Oriental, no experimentaron una epidemia similar de SIDA.
No pueden negarse los paralelismos entre el SIDA y la polio. En 1959, como ahora, existía una terrible enfermedad globalizada y, a la vez, grandes presiones para obtener la cura.